Pada awal pembentukan Gereja Santo Yohanes Paulus II, semua perjalanan dimulai dari Paroki Terminal, atau paroki Santo Arnoldus Jansen. Namanya adalah Paroki Terminal karena berada di dekat dan bersebelahan terminal Bekasi. Berdasarkan data BIDUK dari September 2025, paroki Bekasi memiliki 26.023 jiwa, dengan 7.775 kepala keluarga, menjadikannya paroki terbesar di Keuskupan Agung Jakarta.
Tiga sentra pelayanan dibentuk karena jumlah umat yang cukup besar dan daya tamping gereja yang tidak memungkinkan lagi untuk perluasan. Wilayah Tengah dibentuk oleh paroki induk, Wilayah Timur dibentuk oleh Stasi Cibitung pada tahun 2023, dan Wilayah Selatan dibentuk oleh Stasi Rawalumbu pada tahun 2016.